Theo lễ nghi, quốc kỳ có thể treo từ bình minh cho đến hoàng hôn; các doanh nghiệp và trường học được phép treo quốc kỳ từ khi mở cửa đến khi đóng cửa.[99] Khi treo quốc kỳ Nhật Bản cùng quốc kỳ khác đồng thời, quốc kỳ Nhật Bản được đặt ở vị trí vinh dự và quốc kỳ ngoại quốc nằm ở bên phải, cả hai có kích cỡ bình đẳng. Khi treo cùng từ hai quốc kỳ khác trở lên, quốc kỳ Nhật Bản được xếp theo thứ tự của bảng chữ cái theo quy định của Liên Hiệp Quốc.[100] Khi các quốc kỳ không còn thích hợp để sử dụng, nó thường được đốt một cách kín đáo.[99] Đạo luật về Quốc kỳ và Quốc ca không định rõ cách sử dụng quốc kỳ, song các tỉnh khác nhau lại ban hành các quy định riêng về việc sử dụng Hinomaru và các huyện kỳ của họ.[101][102]

Tưởng niệm

Hinomaru có hai kiểu treo để tang, một là treo theo kiểu bán kỳ (半旗 (bán kỳ), Han-ki?) (cờ rủ) giống như tại nhiều quốc gia khác. Những cơ quan của Bộ Ngoại giao treo bán kỳ trong thời gian tang lễ của một nguyên thủ quốc gia ngoại quốc.[103]

Một kiểu treo rủ thay thế là điếu kỳ (弔旗 (điếu kỳ), Chō-ki?), gắn thêm một dải băng màu đen ở phía trên lá quốc kỳ, kiểu này truy nguyên từ ngày 30 tháng 7 năm 1912, khi Thiên hoàng Minh Trị băng hà và Nội các quyết định ban một sắc lệnh rằng quốc kỳ cần phải được treo để tang khi Thiên hoàng băng hà.[104] Nội các có thẩm quyền trong việc công bố treo quốc kỳ nhằm để tang.[105]

Trường công lập

Từ sau Thế chiến II, Bộ Giáo dục ban hành các tuyên bố và quy định nhằm thúc đẩy việc sử dụng cả Hinomaru và Kimigayo tại các trường thuộc thẩm quyền của họ. Tuyên bố đầu tiên trong số này được ban hành vào năm 1950, với nội dung mong muốn nhưng không bắt buộc, đối với việc sử dụng cả hai biểu tượng. Điều này sau đó được mở rộng bao gồm sử dụng các biểu tượng vào các ngày lễ và trong các buổi tưởng niệm nhằm khuyến khích học sinh về các ngày lễ quốc gia và thúc đẩy giáo dục quốc phòng.[37] Trong cuộc cải cách năm 1989 về định hướng giáo dục, chính phủ của LDP yêu cầu cờ phải được sử dụng trong các nghi lễ của trường và phải tôn trọng đúng mức đối với nó, và đối với cả Kimigayo.[106] Hình phạt đối với quan chức nhà trường không tuân theo lệnh này cũng được ban hành trong cuộc cải cách năm 1989.[37]

Hướng dẫn chương trình giảng dạy năm 1999 (学習指導要領 Gakushū shidō yōryō) do Bộ Giáo dục ban hành sau khi thông qua "Đạo luật về Quốc kỳ và Quốc ca" quy định rằng "vào lễ khai giảng và lễ tốt nghiệp, các trường phải giương cờ Nhật Bản và hướng dẫn học sinh hát "Kimigayo" (quốc ca), nâng cao ý nghĩa của cờ và bài hát."[107] Ngoài ra, bình luận của Bộ về Hướng dẫn chương trình giảng dạy năm 1999 cho các trường tiểu học lưu ý rằng: "đưa ra tiến bộ quốc tế hóa, cùng việc thúc đẩy lòng yêu nước và nhận thức về người Nhật, điều quan trọng là nuôi dưỡng thái độ tôn trọng của trẻ em đối với quốc kỳ Nhật Bản và Kimigayo để họ trưởng thành lòng tự tôn công dân Nhật Bản trong một xã hội quốc tế hóa."[108] Bộ cũng tuyên bố rằng nếu sinh viên Nhật Bản không thể tôn trọng biểu tượng của chính họ, thì họ sẽ không thể tôn trọng biểu tượng của các quốc gia khác.[109]

Các trường học là trung tâm của tranh cãi về cả quốc ca và quốc kỳ.[38] Hội đồng Giáo dục Tokyo yêu cầu sử dụng cả quốc ca và cờ trong các sự kiện thuộc thẩm quyền của họ. Lệnh yêu cầu giáo viên nhà trường phải tôn trọng cả hai biểu tượng hoặc có nguy cơ mất việc.[110] Một số người phản đối các quy định đó vi phạm Hiến pháp Nhật Bản, nhưng Hội đồng đã lập luận rằng các trường học là cơ quan công lập, giáo viên phải có nghĩa vụ dạy học sinh của mình cách để trở thành một người công dân Nhật Bản tốt.[16] Nhưng đã xảy ra các cuộc phản đối, các trường học từ chối treo Hinomaru trong lễ tốt nghiệp của trường và một số phụ huynh xé cờ.[38] Các giáo viên thất bại trong việc khiếu nại hình sự chống Thống đốc Tokyo Shintarō Ishihara và các quan chức cấp cao, vì hành động đã ra lệnh cho các giáo viên tôn vinh Hinomaru và Kimigayo.[111] Sau các cuộc phản đối trước đó, Liên đoàn giáo viên Nhật Bản chấp nhận sử dụng cả cờ và quốc ca; Liên minh giáo viên và nhân viên Nhật Bản vẫn phản đối cả hai biểu tượng và việc sử dụng chúng trong hệ thống trường học.[112]